人體內部有許多機轉， 舉凡內分泌、代謝、體溫和睡眠，都和外界環境中的太陽二十四小時週期的循環同步調，稱之為晝夜節律（circadian rhythm）。將生理時鐘和外界環境同步化的過程稱為「entrainment」。許多原因會影響到此同步化的過程，其中最重要的就是光照。 哺乳類動物的生理時鐘是由上視神經交叉核（suprachiasmatic nucleus）所調控。光線由眼睛接收，經視網膜將訊號藉由視神經傳導路徑，傳至上視神經交叉核，上視神經交叉核主要藉由此訊號來調控身體內部的各種活動，也因而生理時鐘的「一天」和日起、日落的「一天」都是二十四小時。上視神經交叉核除了接受光線的訊號外，也接受了來自下視丘和縫際核（raphe nucleus）的訊息；另外，日常活動，包含進食、運動和其他社交，也都會影響此上視神經交叉核，進而影響人體的生理時鐘。