中樞神經系統發炎可分為腦膜炎(meningitis)及腦炎(encephalitis)。發炎部位於腦膜稱之為腦膜炎；腦炎則是腦實質受到感染，若同時累及兩者，則稱為腦膜腦炎(meningoencephalitis)。腦膜炎主要透過飛沫、接觸或糞口傳染，有時也可能為細菌經由血流進入腦部所致。三個月以下的嬰兒，由於血腦屏障尚未完全發育，因此更容易受到感染；新生兒則可能在生產過程中經由產道感染。根據病原體的不同主要可分為細菌性腦膜炎及無菌性腦膜炎，後者以病毒性腦膜炎為主。
在細菌性腦膜炎中，根據不同年齡層，好發的病原體會有所差異。對於三個月以下的嬰兒而言，最常見的細菌病原體是乙型鏈球菌(group B Streptococcus,GBS)和大腸桿菌(Escherichia coli)。乙型鏈球菌通常存在於孕婦的產道中，因此新生兒在分娩時有可能經由產道感染。在年紀較大的嬰兒與兒童中，肺炎鏈球菌(Streptococcus pneumoniae)和腦膜炎雙球菌(Neisseria meningitidis)為主要的病原體。肺炎鏈球菌是導致多種兒童感染的常見細菌，包括肺炎、中耳炎等，其侵入腦部可能引發腦膜炎。腦膜炎雙球菌則以其引發的流行性腦脊髓膜炎而聞名，是一種具有高度傳染性和致死率的疾病。另外，青少年族群中也以腦膜炎雙球菌(Neisseria meningitidis)為主。密集的群體生活環境，如學校宿舍，可能導致腦膜炎雙球菌的傳播風險可能更高^[1-5]。
而病毒性腦膜炎中，5歲以下兒童患病風險較高，1個月以下的嬰兒若感染病毒性腦膜炎，則容易併發重症。季節方面，病毒性腦膜炎多好發於夏季和秋季。腸病毒(enteroviruses)是造成病毒性腦膜炎最常見的病原體，約佔85%，其中腸病毒A71型(EV-A71)最容易引起神經系統併發症。此外，流感病毒(influenza virus)等其他病毒也可能引起無菌性腦膜炎，以5歲以下的兒童風險較高^[6-9]。
根據回顧性研究，台灣在1984-2012年間，得益於疫苗的引進，兒童腦膜炎的盛行率在1993-1997年後明顯下降。以B型嗜血桿菌為例，台灣5歲以下B型嗜血桿菌腦膜炎年發生率由1997年5.57/10萬降至2000年3.22/10萬；肺炎鏈球菌方面，2015年納入常規接種後，0-5歲兒童侵襲性肺炎鏈球菌疾病的發生率由2012年17.8/10萬降至2017年5.5/10萬，減少約69%。針對流行性腦脊髓膜炎，則多為散發病例。至於病毒性腦膜炎，雖偶有地方性流行，但缺乏全國性盛行率數據^[10-14]。
另外，台灣目前屬於結核病中度負擔區域，由結核分枝桿菌(Mycobacteriumt u b e r c u l o s i s ) 引發的結核性腦膜炎(Tuberculous meningitis)也佔有一定的角色。2023年結核病全年齡層新案發生率約為每10萬人口28.2例，其中0至14歲結核病新案發生率為10萬人口0.6人^[15]。根據過往統計，結核性腦膜炎佔台灣兒童結核病病例的17.5%，且多為4歲以下或12歲以上兒童^{[16, 17]}。