B 型肝炎病毒為一不完全雙股DNA(partially-double stranded DNA)病毒，屬於Hepadnaviridae。B肝病毒約由3,200個鹼基對組成，含有四個部份序列重疊的基因(或稱開放閱讀架構, open reading frame)。其中ORF-S(即S基因)的產物是病毒外套膜， 也就是表面抗原(surface antigen)；C基因則負責製造核心抗原(core antigen, 即nucleocapsid)及pre core antigen(即 e 抗原)；P基因為病毒的DNA聚合酶(DNA polymerase)提供編碼，而X基因則負責兩種與病毒複製有關的控制蛋白質之製造。病毒進入肝細胞之後， 會進入細胞核， 在其內形成cccDNA(covalently closed-circular DNA)之結構， 該結構可進一步形成minichromosome， 由此轉錄出RNA。RNA則轉譯出各種蛋白質如表面抗原(surface antigen，即HBsAg)、核心抗原(core antigen, HBcAg)。雖然B肝病毒為DNA病毒，但並不直接由DNA進行複製， 而是以RNA為模板， 透過反轉錄酶(reverse transcriptase)的作用，再逆轉錄出DNA，以形成新的病毒。