微生物可以分成細菌(bacteria)、古細菌(archea)、病毒(viruses)、和真核微生物(microeukaryotes)四類，而一個人身上的各種微生物總稱為人體微生物叢(human microbiota)^[1]。經預估，人體身上可以有10兆到100兆個微生物存在，這比人體細胞還要多出10倍。而腸道的微生物又是佔最多的比例且歧異度也是最高，大約有1,000多種的微生物分佈在腸道中^[2]。不同性別，種族或年齡的族群，身上所帶有的微生物是不同的；而且飲食內容的不同也會影響腸道微生物的種類，像是飲食西化也會造成微生物種類的改變^[1,3]。有趣的是，這些微生物就算在腸道中，也是各有各的地盤，就算在相同的器官，不同的解剖深度也能看見不同的微生物存在^[4]。以往認為這些腸道微生物的主要功能和代謝吸收營養有關^[1,5]。但現在根據混雜基因體學(metagenomic)的研究，似乎發現到除了營養吸收外，這些腸道微生物可能和人體健康有關^[6,7]。其中，類桿菌屬(Bacteroides spp )、雙歧桿菌屬(Bifidobacterium spp )與梭菌屬(Clostridium spp )菌叢，已經有比較明顯的研究表示和身體的免疫系統、癌症治療與內分泌傳導功能相關^[1,8]。但盤踞在身體某處的微生物並不是一成不變，假若它們受到了傷害，如抗生素使用、疾病或飲食生活環境的改變，它們是有可能被其他微生物取而代之，而這樣的一個動態改變的過程也對人類的健康產生一定的影響^[1]。